鲁达 今天主要介绍安装转录组分析的软件与fastqc检测测序数据的质量。
conda软件安装
绝大多数软件的安装都可以通过conda来进行，能省很多事情，一些依赖的软件也会自动下载。我个人的大部分软件都是通过conda来进行的（文章最后放链接）。该软件安装在服务器下进行。
上传minconda3文件到账户的目录下。我不会放在账号创建的其他的文件夹下。比如（账号是lab425，文件就上传到进入账号时所在的文件夹下），如下图：
然后输入bash Miniconda3-la
看情况需要回车按回车，需要输入yes就输入yes。软件就装好了。如下图：
（账号前会有（base），如果没有就重新进下账号）。
添加频道
之后添加频道（简单理解：就是你要下载的软件从哪个网站寻找）。
命令行按照顺序输入：一共五个频道。
conda config --add channels ';
conda config --add channels ';
conda config --add channels ';
conda config --add channels ';
conda config --add channels 'r'
conda config --add channels ';
这是我安装的顺序，顺序决定优先从哪个网站寻找软件。最后添加的优先级最高。
添加过程中，可能会提示已经有这个频道，不用管。继续添加后面的频道。添加完成后，使用conda config --get channels来查看已经安装了哪些频道。
然后更新conda自身（我给的软件比较老）。命令：conda update conda
注：一般我在给新的账号装conda时，都会装一个老的，然后在更新conda自身。
创建环境并进入
在conda下创建一个转录组分析的环境，将用于转录组分析的软件安装在该环境下。
比如创建名为rnaseq的环境。命令：conda create --name rnaseq
然后提示输入Proceed ([y]/n)? 选择y就行了。
进入该环境：conda activate rnaseq。这是账号前的base会变成rnaseq。
（如果有两个甚至更多的环境，退出当前环境：conda deactivate，然后在conda activate 环境名）
安装软件
conda install 软件名即可。转录组分析的软件安装如下：
conda install fastqc trimmomatic samtools bcftools hisat2 subread
（注：fastqc trimmomatic hisat2 samtools subread共五个软件，另外conda安装的软件名都是小写形式的字母）
安装时提示输入Proceed ([y]/n)? 选择y就会自动安装。
fastqc检测测序文件
我当前的环境名为：all
查看软件的帮助信息，一般都是：软件 -h （或者-help --h --help）。不同的软件方法不同。
fastqc -h 查看帮助信息。自己看就可以了。
举例：我的测序数据是在/home/lab425/rnaseq/hsq/fastqc/
使用cd 进入该文件夹后，
fastqc -f fastq -t 2 T1_1.clean. T1_2.clean.（可以看看帮助信息的-t含义）
t后面的数字表示最多有多少个文件，我一般设置与后面接的测序文件数相等的数字。
成功运行。等待结果即可。
，会生成4个文件。将两个.html导出到自己的电脑双击查看即可（直接拖拽到自己电脑的屏幕即可）。
打开，我一般看第二行（Per base sequence quality），第五行（Per base sequence content），第六行（Per sequence GC content），最后一行（Adapter Content）。
第二行：
可以看到碱基质量大于等于32，质量很好（如果一个碱基出错的概率是0.001，那对应的Q值Q=-10log10)=30）。
第五行：
可以看到前8个碱基不平，具有一定的偏好性。这是因为reads刚开始测序时不稳定，会杂乱无章。就像普通PCR测序一样，前100bp的碱基很乱（印象是100bp，或者可能是150bp）。因此后续分析中会去除前8个碱基。
第六行：
看着可以，没有两个尖峰。
最后一行：
整个坐标都是0，没有接头序列。
结论：只需要去除每个reads前8个碱基即可。下节再说。
Minconda的安装文件
链接：
提取码：fkym