鲁达 2006 款的 YZF-R1 经过了小幅度的改进，车架编号仍为 5VY（5VY 后期款）。动力方面，沿用了原有的水冷四冲程直列四汽缸、DOHC 每汽缸五汽阀的发动机，排汽量 998 cc。这台 2006 款是最后使用每汽缸五汽阀配汽结构的 YZF-R1。
2006' YZF-R1 的最大动力输出从 2004/2005 款的 172 匹轻微提升至 175 匹，主要是得益于改用了更短的进汽歧管。车架/底盘的多处细节经过了微调，以求实现更好的刚性平衡，较大的变动是后摇臂比 2004/2005 款加长了 20 mm，让轴距又回到了初代 YZF-R1 的 1,415 mm，整体的前后配重、向前轮转移了 1%，官方称，新的变化是为了改善在全开油门的狂加速之下、车体的稳定性。
为了纪念 Yamaha 参加 WGP 五十周年，2006 款的 YZF-R1 还包括一个采用了 1978 至 1980 年 WGP500 世界冠军、美国车手肯尼. 罗拔士（Kenny Roberts）当时所驾驶的 Yamaha 赛车的黄/黑色图案版本。
除了黄/黑色的 WGP 五十周年纪念图案之外，Yamaha 还首次推出了强化装备的 2006' YZF-R1 SP（LE，限量版）。SP 版换装了奥林斯的前、后悬挂，重量比标准版降低了 400 克的 Marchesini 锻造轮框，并首次在 R1 车型中配备了滑动式的离合器。
2006' YZF-R1 SP 总共生产了 1,330 台，其中欧洲市场、美国市场各占 500 台。下图为欧洲及其他美国以外区域市场版本的 2006' YZF-R1 SP。
下图：美国版的 2006' YZF-R1 SP。