开篇蝙蝠侠布鲁斯在父母的葬礼上,他不敢直面父母的死,狂奔向森林,掉进了一个深坑惊起了许许多多的蝙蝠。都市里,布鲁斯看到了楼顶的氪星船,打电话通知人们撤离大楼,还没赶到楼就崩塌了,废墟里华莱士在求救,布鲁斯安慰他救出了他,看到快要崩塌的废墟里有个小女孩,他狂奔过去就救了她安慰她,抬头看向上空正在厮打的氪星人超人和佐德。
18个月后,人们在海底打捞出氪星石,非洲,超人的女友露易丝来采访恐怖分子,但一起来的同伴被杀死了,同村的百姓也被射杀了,恐怖分子带露易丝进入屋内,超人来救露易丝,迅速达到了恐怖分子救了露易丝。法院内,人们都在批判超人的行为。
露易丝回到家,超人来给正在洗澡的她送花,露易丝告诉他人们都在批判他,他不以为然与露易丝亲热。监狱里,警察赶到发现了趴在墙上正布审讯犯人的布鲁斯布鲁斯逃跑,回到家的布鲁斯与助手探讨,看向视频上超人害死人们的恶行很是愤怒。
发现氪星石的卢瑟将它呈上给参议员看,女参议员疑问一块石头与国家有什么关系,卢瑟解释氪星石与佐德身体残骸发生并产生了氪星石细胞,是超人的致命克星,氪星人超人类有许多可能生活在我们身边,希望国家能支持将它研究成为武器制裁超人类。
在纪念超人的广场上,华莱士爬上超人雕像喷洒图写,警察制止,超人工作室领导正像超人安排任务,看到了新闻。男参议员同意了卢瑟的提案,卢瑟申请进入氪星船,见到了佐德的尸体。超人工作室大家都在讨论蝙蝠侠,露易丝像大家展示了从没见过的弹壳,申请去华盛顿去调查。
女参议员找到卢瑟,发现了卢瑟的想法并不单纯,卢瑟指向一幅画向女参议员解释。露易丝找到斯旺维克部长问他弹壳的下落,部长愤怒的说超人工作室为了利益不惜牺牲大家的性命,说完走了。布鲁斯窃取了俄国人的通话记录,发现了他与白葡萄牙人有联系,并传送隐蔽数据给私人住所卢瑟那,布鲁斯要去卢瑟住处装窃听器,助手拿出卢瑟酒会的邀请函。
酒会上超人也在,布鲁斯无聊的听着卢瑟演讲,助手用隐形耳机指挥布鲁斯摸清地形,被超人窃听到,布鲁斯熟练的安装驱动器,回到大厅的布鲁斯被超人叫住,两人都质问对方,演讲完的卢瑟跟两人打招呼,助手告诉布鲁斯以窃取完毕,超人看到新闻中有工厂失火,布鲁斯去取驱动器发现被一个女人拿走了,女人开车走了,超人换装冲向工厂救下了一个女孩,大家都拥向超人。
电视上女参议员解说着超人。监狱里的华莱士被卢瑟释放,卢瑟希望华莱士帮助自己打败超人,华莱士面见女参议员。布鲁斯追上在博物馆的女人,向她要自已的驱动器,,女人告诉他在他自己的车上。
回到家的布鲁斯开始破译驱动器,‘布鲁斯来到一辆车车的旁边质问氪星石,看到氪星石布鲁斯上当了,从天而降许多的人他们和布鲁斯厮打,布鲁斯被抓,超人来了质问布鲁斯’布鲁斯从梦中醒来看向以破解成功的资料,明白了白葡萄牙是一艘船,船上有武器氪星石正被送往卢瑟那,布鲁斯要去将它偷出来摧毁它。
露易丝又见到了部长,向部长解释沙漠上死去的人并不是超人所为,将弹壳交给了部长。布鲁斯在氪星石上安装了追踪器,卢瑟检查氪星石。女参议员邀请超人来国会接受采访,莱克斯集团的总裁卢瑟没出现,国会发生了爆炸,警察认定华莱士是凶手,氪星船里卢瑟在恢复氪星船,布鲁斯查莱克斯集团的资料,点开超人类,发现了正义联盟四人资料。
超人消失了,雪山父亲与超人讲了自己的经历,卢瑟派人抓走了超人的母亲玛莎,露易丝也被卢瑟的手下带走了,楼顶露易丝见到卢瑟,卢瑟将露易丝推向楼下,超人出现救下露易丝,飞上楼顶怒气冲冲的看向卢瑟,卢瑟拿出玛莎被打的照片威胁超人去杀死蝙蝠侠。
超人找到了蝙蝠侠两人大打出手,蝙蝠侠扔出氪星石超人吸入气体,失去超能力,蝙蝠侠打向超人,超人又恢复了超能力,两人扭打在一起,超人告诉蝙蝠侠救出玛莎,露易丝赶到告诉蝙蝠侠玛莎是超人的母亲,超人向蝙蝠侠解释卢瑟那玛莎的命换他的命,蝙蝠侠醒悟去救玛莎,布鲁斯救出了玛莎。
超人找到卢瑟,卢瑟放出怪物,这时警方也发现了怪物,神奇女侠与超人一起对怪物厮打,警方放出导弹反而增加了怪物的能力,蝙蝠侠发现只有用氪星石才能打败它,怪物打向蝙蝠侠被神奇女侠挡住,三人开始合力攻击怪物,最后齐心协力打败了怪物,超人也因伤势太重死去,卢瑟被抓。超人因公殉职举国上下为超人举办了葬礼。