九龙寨城最初其实并不是贫民窟,在清朝时期它是为清军驻地,地处现今的九龙城内。1898年根据中英《展拓香港界址专条》,九龙半岛与新界划为英国殖民地,但在清朝外交官员的据理力争下,九龙寨城仍归属于清朝管辖,自此便埋下了日后形成九龙寨城的契机。
由于九龙寨城位于香港殖民地以内,与清朝地界并不接壤,因此成为清朝在香港殖民地内的一块飞地,并设置有清朝官员的办公场所。直到后来1899年英军侵入寨城,赶跑了城内的清朝官员,使九龙寨城一度成为荒城,长时间无人居住。二战期间,日军为了扩建启德明渠,拆毁了九龙寨城周围的全部城墙,以至于二战后有不少露宿者在九龙寨城聚居。这就是九龙寨城的雏形。
由于香港警察、殖民地政府无权进入,中国的政权又拒绝管理,九龙寨城顿成罪恶温床、贫民区,更有以“三不管”(即中国不管,英国不管,香港不管)来形容当地的管辖权问题。自此,九龙寨城在无政府的情况下人口骤增,成为了杀人犯,强奸犯,毒贩等各色逃犯的聚集地;亦成为了各色地下工厂的所在。到70年代时,九龙寨城人口增至两万五,香港90%的海洛因由此输出。同时,各色大小妓院、赌场、斗狗场等等如雨后春笋般应然而生。九龙寨城彻底成为了一座罪恶之城。
到了80年代末期,九龙寨城人口增至五万,平均每人居住面积只有4平方米。各种非法建筑一层搭一层,乃至整个寨城98%的区域24小时无阳光,正午当空也要点电灯。而由于港英政府对此地不供电,唯一的电力来源是偷接路灯电缆;偷接的电线经常被掐,而停电则成为了家常便饭。同时,由于隔水系统不存在,整个寨城一年365天处处滴水。虽然处处滴水,但真正的自来水管只有8条,全部被寨城内势力强大的黑帮头目控制,为黑帮手下的各色地下工厂供水。普通寨民需要用水,要向黑帮交买水钱,然后在仅有的几个分支水管打水。99.9%的寨民家没有邮箱。而整个寨城的卫生条件亦达到最差极致,老鼠和虫蚁与人同吃同睡。
1984年12月,中英两国签订《中英联合声明》处理相关问题,1987年两国决定共同清理城寨,迁徙居民。于是在1991年的11月28日,九龙寨城开始清理,整个清拆过程于1994年4月完成,原址改建为九龙寨城公园,保留了一部分原九龙寨城的遗址和遗迹。九龙寨城终于走入历史。
虽然九龙寨城已经不复存在,但它诡异的形态在后来众多末世、生化、犯罪等题材的影视和漫画中不断出现。成为了许多游戏动漫的创作素材。如在2010年《使命召唤之黑色行动》中,九龙关卡就再现了九龙寨城那错综复杂的地形,被评为最受玩家欢迎的地图。动画《心理测量者》中第一集,也是以一个类似于九龙寨城的贫民聚集区为舞台。