鲁达 继2005年后，YAMAHA R6在2006年迎来了大改款，此次改款从外观至动力系统均作出不同程度的升级。首次采用源自MOTOGP技术的YCC-T电子油门控制系统，配合压缩比上升至12.8与优化进气系统后的发动机，马力由126匹提升至127匹，同时采用了Deltabox车架，进一步提升车辆的操控。
除动力方面外，外观也是此次升级的重大改变单元。YAMAHA R6的导流罩、大灯、排气等均升级为更符合现代化审美，富有潮流化设计的造型。如果2005款以前的YAMAHA R6与2006款以后的YAMAHA R6放在一起的话，你可以明显看出他们的区别。
2007年，YAMAHA R6针对板花进行升级，外观与性能方面无任何改动。
时隔一年后，YAMAHA R6再次迎来进化，其发动机压缩比创下历史新高提升至13：1，马力由127匹提升至129匹。同时车架、骑行三角设定、后摇臂、刹车碟等部件均有小幅提升。外观方面，YAMAHA R6的排气形状有所改变，前脸进气口的小灯由梯形更改为十字星形状。
2009年，YAMAHA R6针对板花进行升级，外观与性能方面无任何改动。
2010年，YAMAHA R6的引擎系统进行重新调整，马力由129匹下降至124匹，虽然整体马力有所下降，但是高转速下动力有所上升。外观方面，YAMAHA R6的排气比先前车型更长，其余细节没有发生改版。
2011年，YAMAHA R6针对板花进行升级，外观与性能方面无任何改动。
YAMAHA R6针对板花进行升级，并增加了50周年红白纪念款板花，外观与性能方面无任何改动。
2013年，YAMAHA R6针对板花进行升级，并增加了蓝色轮毂的配色，性能方面无任何改动。
2014年，YAMAHA R6针对板花进行升级，并增加了蓝色轮毂的配色，性能方面无任何改动。
2015年，YAMAHA R6针对板花进行升级，并增加了蓝色轮毂的配色，性能方面无任何改动。2015款YAMAHA R6的主要参数及图赏：
2016年，YAMAHA R6针对板花进行升级，并在美国还增加了黄色的纪念版车型。
纪念版车型：
YAHAMA R6从1999年发展至2015年，在这之间的16年中，YAMAHA R6迎来4次较大的改动，对比同级竞品车型改动较少（2008年至2015年基本没有实质性的改变，只有排气变得越来越长）。其原因无外乎两点，一是雅马哈认为R6过于优秀，无需改款也能与其余车型竞争；二是雅马哈没有认真对待R6。但是从YAMAHA R6多年来的销量与拥戴其车型的消费者数量来看，前者的可能性会大一些。
总体来说，YAHAMA R6是一款十分激进的仿赛车型，860mm的坐高相比大哥YAMAHA R1还要高出不好，高转速发动机更是偏向赛道化调校，竞技化的调校注定无法让YAMAHA R6在街道舒适的骑行，但是来到赛道后，便是YAMAHA R6发挥真正实力的地方。在相同技术的条件下，YAMAHA R6与排量相差400cc的YAMAHA R1相比更加适合攻弯，如果在小型多弯的赛道中，YAMAHA R6未必会输给YAMAHA R1。