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1、大气科学学院: 大气科学系、 海洋科学系 、大气科学南京信息工程大学系(气候资源方向) 大气物理学院: 大气物理学系,人工影响天气,大气探测系。
2、雷电科学与技术系 应用气象学院: 应用气象学系、 农业资源与环境系 遥感学院: 遥感科学与技术系、 测绘工程系、 地理信息系统系、 资源环境与城乡规划管理系、 信息与控制学院: 仪器科学与技术系、 自动化系、 电气工程系、 信息系统工程系 电子与信息工程学院: 电子信息工程系 、通信工程系、 信息工程系、 电子科学与技术系 环境科学与工程学院: 环境科学系、 环境工程系、 化学系、 生态学系 计算机与软件学院: 计算机科学与技术系、 网络技术与工程系、 软件技术与工程系、(电气信息类)计算机应用系 数理学院: 大学数学部、 数学系、 信息与计算科学系、 统计学系、 大学物理部、 物理学系、 应用物理系、 材料物理系 公共管理学院: 行政管理系、 公共事业管理系、 法律系、 思想政治理论课教育中心、 思想政治教育教研室 经济管理学院: 信息管理与信息系统系、 会计系(会计方向 财务管理方向)、 国际经济与贸易系、 市场营销系、人力资源管理系 、物流管理系、 金融工程系 语言文化学院: 大学英语部、 英语语言文学系、 日语语言文学系、 中国语言文学系、对外汉语(汉日双语方向) 传媒与艺术学院: 动画系。
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