鲁达 1938年的3月29日，国民党成立中央调查统计局，隶属于国民党中央委员会办公处，简称中统。这个全新的组织是由陈立夫主持的，其人员基本上都是供职于国民政府的特务、特工，由徐恩曾出任负责人。与此同时，蒋介石为了特务工作上的制衡，将戴签负责的调查处重新命名为“军事委员会调查统计局”，也隶属于军事委员会，简称“军统”。军统，这个响彻中国近代历史的特务组织登上了历史舞台。
在军统的人事安排上，蒋介石考虑再三，或许是出于戒备和信任方面的原，一开始并没有直接任命戴笠为军统局的局长，而是任命他的待从室第一处主任贺耀祖担任局长，而把戴签放在了副局长的位置上，并且后来的局长一职都是由待从室第一处主任兼任，林蔚、钱大钧的等先后都在这把交椅上坐过一段时间，但是这些历任的军统军长都非常了解蒋介石的意图，从不过间军统的活动和人事，所有的工作都由戴统揽，直接向蒋介石负责。“戴签应该全权负责军统，许多事情不用我操心，他都能做得很好，让他放手去干吧，我相信他！”第一任局长费耀祖这么评价戴签。历任局长都只是在每年4月1日这一天来听取戴签代表军统做的年度报告，简单走走过场之后，就离开了。国民党内的地方军政要员，有很多人都不知道军统内部还有比戴签官儿更高的人物，在他们的眼里，戴签就是军统的“领袖”，就是军统的“灵魂人物”。也正是这个身份，让军统内部对戴签的称呼发生了做妙的变化，下属提到这位副职局长上司的时候，并不提局长这一职称，而是均以“老板”相称。蒋介石迂回地任命戴签为刷局长，目的也有其他原因，是让他在实际的工作中尽快建功立业，建立起自己在党内以及军统内部的威信，待时机成熟时再将戴笠“扶正”。戴签经过近两年的磨炼，在特务工作中屡屡建功，不断受到蒋介石的褒奖，在党内的关系网也是越来接密集。两年后，即1940年，蒋介石通过军事委员会正式任命戴签为国民党军事委员会调查局局长。于是，戴签进一步大权在握，正式成为军统局局长。
军统和中统都是经过了一番整合后出现的新组织，他们在工作性质、工作领域等方面都存在着或多或少的重叠。尽管两个部门都处于蒋介石的领导之下，危难之时需要二者的通力合作才能保证特务、情报工作的顺利进行。但事实并没有这么乐观。在发生冲突时，双方都在向称介石告对方的状。状词基本一致，那就是对方越权办案件，扰乱了自已部门的正常工作。许多时候，递到蒋介石手里的告状文件都被搁置起来，蒋介石用制衡手段让双方的争斗愈演愈烈。“不碰军队”是中统的“第一诫”，所以中统和军统的内斗，呈现出的情景就是军统可以进入到中统的领地，而中统只能站在“军队大院儿门口”望洋兴叹，不敢越雷池一步。即使中统得到了关于军队内的重要情报，一般的选择也是直接将情报转交给戴签，让戴签负责军队内案件的调查和取证工作，中统则撤出对此案件的所有人员。一些军事将领对陈立夫没有惧怕之意，对戴签反而十分敬畏，生怕有什么破统被戴签抓住。在军统内部，对中统的歧视观念是相当严重的。总之，两个部门之间的关系很是僵硬，高层互动很少，只是在地方的一些具体单位有着少许的合作。无论是任副局长时的“实际掌权”期间，还是任局长的以后的扶正期间，戴笠都没有放松和中统之间的争斗。而争斗关键是通讯领域，这其中包括对电报和邮件的检查、控制，因为这是直接影响情报工作，谁掌控了通讯谁就掌握了工作的主动权。
军统的通讯破译水平很高，聚集了当时非常优秀的电讯谍报人员，日本偷袭珍珠港就是最早被军统破译的，第一时间通知美国后，美国方面并没有认真对待，偷袭事件后，美国对军统的破译能力刮目相看。