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摩托车改色车管所办理变更登记流程如下：
1、到车管所查验岗查验车辆并预录信息；
2、业务大厅排队取号后到受理窗口提交资料；
3、到缴费窗口缴纳相关费用；
4、到牌证窗口领取证件。
【法律依据】
《道路交通安全法实施条例》第六条规定，已注册登记的机动车有下列情形之一的，机动车所有人应当向登记该机动车的公安机关交通管理部门申请变更登记：
(一)改变机动车车身颜色的；
(二)更换发动机的；
(三)更换车身或者车架的；
(四)因质量有问题，制造厂更换整车的；
(五)营运机动车改为非营运机动车或者非营运机动车改为营运机动车的；
(六)机动车所有人的住所迁出或者迁入公安机关交通管理部门管辖区域的。
申请机动车变更登记，应当提交下列证明、凭证，属于前款第(一)项、第(二)项、第(三)项、第(四)项、第(五)项情形之一的，还应当交验机动车；属于前款第(二)项、第(三)项情形之一的，还应当同时提交机动车安全技术检验合格证明：
(一)机动车所有人的身份证明；
(二)机动车登记证书；
(三)机动车行驶证。
机动车所有人的住所在公安机关交通管理部门管辖区域内迁移、机动车所有人的姓名(单位名称)或者联系方式变更的，应当向登记该机动车的公安机关交通管理部门备案。
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