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徐根宝(1994-1996，2002)神话俱乐部历史上的第一位主教练。
斯托伊科夫（1996.12-1997） 申花历史上首位外教，但联赛九轮过后就黯然下课
安杰伊·斯特雷劳（1997-1998） 中途接手率队拿到联赛亚军、足协杯亚军。鼎盛时期的大连队，创造了55场不败纪录，却始于申花也终于申花，这也是安杰伊带队时期，最为浓墨重彩的一笔
墨里西·拉马尔霍（1998） 国际足联高级讲师，他的到来促使申花真正开始向技术型风格过渡。在当赛季带领申花拿到足协杯冠军，是申花俱乐部历史上第一任“冠军外教”。
塞巴斯蒂奥·拉扎罗尼（1999） 曾率领巴西队参加90年意大利世界杯，但与俱乐部的矛盾使得他的申花之旅并不成功
彼德洛维奇（2000） 申花队请来了在贝尔格莱德红星取得过巨大成功的彼德洛维奇。在多数时间内场面都很难看、甚至有些被动的情况下，老彼德还是带领申花拿到了亚军。
伊利亚·佩特科维奇（2001） 带领申花打出梦幻开局，但联赛后期痛失好局再次获得亚军
吴金贵（2002-2003、2006）（2007-2008） 徐根宝“下课”后接任申花主帅带队征战至03赛季结束。 2006二度入主，吴金贵带领球队首次打进亚冠八强，但依然没能再联赛夺冠，再次获得亚军。
霍华德·威尔金森（2004） 申花在中超元年请来了大名鼎鼎的英格兰教练威尔金森，志在卫冕。然而谁也没有想到，威尔金森与申花的蜜月仅仅维持了两个月，就因为家庭原因突然离开了上海，而此时，中超联赛甚至都没有开打。
贾秀全（2004）（2008-2009） 在威尔金森离去后，贾秀全成为申花的救火教练，但在联赛十六轮过后被解雇
涅波姆尼亚奇（2004-2005） 上任首场比赛就赢下德比，但这是他在那个赛季接手申花后唯一一场赢球。第二个赛季，他带领申花双杀同城对手上海国际，但与联赛冠军失之交臂。
奥斯瓦尔多·吉梅内斯（2007） 在申花与联城合并后，吉梅内斯开始执教申花。但这位多数时间都在执教平民球队的外教在申花并没有获得成功。
米洛斯拉夫·布拉泽维奇（2010） 培养的冯仁亮、宋博轩、吴曦、姜嘉俊等小将刮起青春风暴，也带领球队拿到联赛第三。但随后前往中国国奥队执教，也就此离开了申花。
奚志康（2011） 上海足球杰出代表 2009年受朱骏的聘请，担任布拉泽维奇执教的上海申花队中方助理教练 2010年12月，受聘为上海申花队主教练。现为上港领队兼助教
塞尔吉奥·巴蒂斯塔（2012.5-2013.7）（2014.4-2104.11） 在此之前让·弗洛伦特·伊本吉 短暂担任过球队主教练，说得不好听一点就是个“傀儡”，因为当时球队真正的主教练是当时球队的外援阿内尔 强援集结却仅获得保级的成绩，自然也逃不了下课的命运
沈祥福（2013.7-2014.3） 沈祥福在任期间，申花的在“内忧外困”的情况下罕见的打出了多次逆转，也被外界戏称“落后的申花惹不起”。
弗兰西斯·吉洛（2015） 一个赛季执教让申花开始逐渐复苏，在足协杯的赛场上也获得了亚军，但仍旧没有留任。
格雷戈里奥·曼萨诺（2016） 在北京国安取得成功的西班牙教练以力得到认可这个赛季与上海申花牵手，并不被外界看好的情况下，带领申花时隔5年再度拿到亚冠资格，但俱乐部称因理念不同没有完成续约。
古斯塔沃·波耶特（201611.29-2017.9.11）这位乌拉圭曾经的中场核心在球员时代取得过成功，被评为过英超最佳外援。但在申花的执教并不成功，在带领申花进入足协杯决赛，但联赛成绩差强人意。中途暗然下课吴金贵也是目前为止执教申花次数最多的主教练
2017.9.12吴金贵再度出山接过申花教鞭，吴金贵也是目前为止执教申花次数最多的主教练。 在今年的足协杯决赛中主场1:0，客场2:3，总分战平同城死敌上港，以客场进球多得优势带领申花时隔19年再次问鼎冠军。