豆腐乳以前都是采用自然发霉,这种方法周期长、受季节影响大,而且容易污染,质量很难控制。目前采用人工纯种培养缩短了生产周期,而且不受季节影响,可常年生产。现在用于腐乳生产的主要是毛霉如腐乳毛霉、五通桥毛霉、总状毛霉、鲁氏毛霉等。
腐乳的酿造过程,是几种微生物及其所产生的酶不断作用的过程。在发酵前期,主要是毛霉利用基质中的营养物质进行繁殖并分泌各种酶,将豆坯中蛋白质和少量淀粉逐步分解的过程。在毛霉生长的过程中空气中的细菌和酵母也会随之在坯上繁殖,当前酵结束,加入食盐、红曲、黄酒等辅料,装坛后,即开始进行厌氧的后发酵。在毛霉产生的蛋白酶、醇化酶和细菌、酵母的发酵作用下,经过复杂的生物化学变化,将蛋白质分解为脉、胨、多肽和氨基酸等物质,同时生成一些有机酸、醇类、酯类,最后制成具有特殊色、香、味的豆腐乳成品。