luda 清关以来，西藏一直是不稳定的因素，第三次和第五次之间发生了纠纷、叛乱和分裂事件。
乾隆时期，国力强盛，西藏再次出现叛乱，这一次乾隆帝果断出手，迅速平定了叛乱，而且为了西藏的安定，创立了“金瓶掣签”的制度。
乾隆十一年，珠尔墨特那木扎勒袭其父郡王爵，总理西藏事务。可是他掌权后倒行逆施，加深了与西藏喇嘛的矛盾，又杀害其兄长，还奏请朝廷撤走驻防的军队，公然对抗朝廷。
当时驻藏大臣副都统傅清、左都御史拉布敦等人发现珠尔墨特图谋不轨后，于乾隆十五年十月十三日设计将他杀死。随后，珠尔墨特的党羽包围了驻藏大臣衙门，杀害了两位驻藏大臣及其部属。拉萨陷入了一片混乱。
消息传到京师后，乾隆帝勃然大怒，立即令四川总督策楞、提督岳钟琪出兵征讨叛党。以达赖喇嘛为首的广大僧俗和入藏清兵联合作战，很快就平息了这场叛乱。此后，乾隆下旨废除了西藏王爵，成立了由四名噶论组成的西藏地方政府噶夏。不久，乾隆帝又制定了《西藏善后章程》，提高了驻藏大臣和达赖喇嘛的权力，并决定在西藏长期驻军1500人。
乾隆中期，西藏地区维持了安定的局面。藏传佛教的领袖——班禅六世决定在乾隆帝七十大寿前夕，赶往承德避暑山庄拜谒乾隆帝，以表达西藏百姓的感激之情。
听说班禅六世要来觐见的消息，乾隆帝喜出望外，急忙命人在承德避暑山庄附近仿班禅驻地日喀则的扎什论布寺修建了一座须弥福寿之庙，供班禅六世休息和讲经之用。为了能与班禅六世直接交流，70岁高龄的乾隆帝还专门学会了藏语。
乾隆四十五年，班禅六世跋涉万里，来到承德觐见，乾隆帝用藏语与班禅六世交谈了很久，并热情地赐予他一大批金银珠宝。不久，班禅六世从承德来到北京，再次受到乾隆帝的隆重接见。班禅六世的入觐展现了西藏对中央政府的友好与崇敬，是民族团结的一段佳话。
同年十一月，班禅六世在北京患天花病逝，乾隆帝万分悲痛，亲往班禅六世驻地致祭，并派遣大臣护送班禅六世的遗体的返藏。
班禅六世去世后不久，西藏地区再次发生战乱，英国殖民者扶持廓尔喀入侵西藏。乾隆帝两次调遣军队出征，将侵略军赶出了西藏。
乾隆五十七年，乾隆帝颁布《钦定西藏章程》，对西藏地区的政治、宗教、军事和外交进行了全面的整顿和改革。“金瓶掣签”制度便是其中宗教事务改革的一项重要内容。
原来，达赖、班禅及其他大小活佛辞世后，西藏地区都要通过“灵童转世”的方法选择继任者。然而由于西藏农奴主势力庞大，他们经常操纵“灵童”的人选，任意指定本族亲贵继任，造成西藏的不安定。
乾隆帝推行的“金瓶掣签”制度，是规定在拉萨大昭寺内供奉一尊金瓶，“灵童转世”时，由驻藏大臣将数名“灵童”的姓名、生辰用满、汉、藏三种文字写在签上，转入金瓶内，然后诵经七天，在驻藏大臣的监督下抽签决定一名“灵童”。
“金瓶掣签”的制度很好地维护了公正性，也让农奴主们无法暗箱操作人选，如此一来，朝廷对西藏的治理也得到了加强。