鲁达 肺孢子菌（pneumocystis）于1909年和1910年分别由Chagas和Carini在感染了锥虫的豚鼠和大鼠肺组织中发现，并认为是锥虫的一种类型。
1912年Delanoe夫妇确定其是一种新的病原体，并命名为卡氏肺孢子（囊）虫（ pneumocystis carinii，PC）。
在形态学上卡氏肺孢子虫类似原虫，且对杀原虫药物喷他脒有效，长期以来被划归为原虫，并一直认为卡氏肺孢子虫是引起人类卡氏肺孢子虫肺炎（PCP）的病原体，
1942 年 van der Mear 及1952 年 Vanek 和Jirovec 才确认20世纪30年代欧洲某些孤儿院小规模流行的所谓浆细胞间质性肺炎与肺孢子菌相关。
1956年美国报道第一例接受糖皮质激素治疗者并发肺孢子菌肺炎(PCP )。
20世纪70年代，美国一些临床肿瘤中心和器官移植中心出现PCP 聚集性发病。
1976年，Frenkel提议将感染人的肺孢子虫命名为伊氏肺孢子菌（PJ）以纪念首次发现人体感染肺孢子菌肺炎的捷克寄生虫病学家伊诺维奇
（Otto jiroveci），但未得到认可。
20世纪80年代初在美国同性恋者中出现PCP 聚集性发病，由此而进一步发现人类获得性免疫缺陷病毒(HIV )。
直至1988年，Edman等发现卡氏肺孢子虫的16S RNA编码基因核苷酸序列与酿酒酵母菌具有高度同源性，所以现在一致同意将卡氏肺孢子虫归属真菌。寄生于人体内并引起感染的肺孢子菌不同于以大鼠作为中间宿主的卡氏肺孢子菌，二者的18S RNA序列差异达5%。
随着越来越多的研究结果证实肺孢子菌的宿主特异性，在1997年肺孢子菌国际研讨会上决定给予其新的命名，但鉴于各肺孢子菌之间是否存在遗传性差异尚未最终证实，故将其差异暂定为型间差异，而非种间差异，将伊氏肺孢子菌仍归属于卡氏肺孢子菌，即人型卡氏肺孢子菌。
其后的研究结果进一步证明不同肺孢子菌之间的差异具有遗传性，因此肺孢子菌应是一个属，存在多个不同的种。
1999年，Freukel再次提议应用伊氏肺孢子菌代替卡氏肺孢子菌，得到广泛赞同。
2001年，在机会性原生生物国际研讨会上一致通过重新修改命名，以肺孢子菌代替卡氏肺孢子菌成为属，伊氏肺孢子菌和卡氏肺孢子菌为不同的种。
由于长期习惯，肺孢子菌肺炎的缩写仍然为PCP
（pneumocystis pneumonia）。
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