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2006年，随着上海神话与联合城合并，朱军加入神话俱乐部担任球队高层，至今已有10多年。
【2013赛季那支“惹不起”的申花，会是周军最大的骄傲】
相信不少申花球迷会牢牢记住那个特别的2013年，当时因为中国足协就假球案给予申花严厉的处罚，取消了球队2003年的末代甲A的冠军，并且罚款100万人民币。更为糟糕的是，球队要带着被扣除6分的成绩，开启2013赛季中超联赛的征程。
那是朱骏“统治”申花的最后时期，当时球队的主帅巴蒂斯塔中途离职，球队主力阵容流失严重。甚至一度因为投资人不在国内，申花运营资金出现周转不灵的局面。周军当时甚至需要自筹资金帮助球队发放工资与奖金，就是在这样的情况下，申花队在那个赛季上下一心，完成多次逆转好戏。媒体给予了2013赛季的上海申花，一个“惹不起”的称号。那个赛季结束的时候，球队以11胜11平8负积38分的成绩，名列联赛第8位。虽然这样的成绩看似不起眼，但是如果球队没有被扣除6个积分的话，排名甚至可以高居第四，这就非常不容易了。
2014年的1月29日，绿地集团在经过了长达六、七个小时的谈判之后，终于申花各大控股方达成一致：由原五大股东回购朱骏名下的28.5%股份。绿地集团随后通过100%全资掌控的方式，完整收购申花股权。如果没有周军在那一年的苦苦支撑，真的很难保证2014年球队的换代可以如此顺利。
【有着出色的引援眼光和人脉，近年来球队的人员框架源于周军】
虽然说2014年绿地集团入主申花，但是当时球队在转手之前，已经失去了王大雷、戴琳、郜林、冯仁亮、吴曦等多名关键的核心球员。当时的上海申花，面临是的真真切切的保级压力。正是在这样的情况下，绿地集团诚恳地请求周军留下。危机中，周军选择留任申花常务副总经理，帮助球队开始重建。
在转会窗口关闭之前，周军紧急叫停了已经准备离队去往北京北控报道的王长庆和王寿挺。在之后的赛季里，这2人为球队的保级贡献了不少的力量。更重要的是，通过引进高迪、耿晓峰这样的实力派球员，让上海申花的新赛季有了一个雏形。赛季中期的二次转会窗口，随着比亚特里和恩里克两名外援的入队，球队在返聘的主帅巴蒂斯塔的带领下，拿到35个积分名列联赛第九位，完成了保级的任务。
值得关注的是2015赛季，当时被球队重用，主要负责引进球员的周军，为上海申花带来了王赟、李建滨、吕征、张璐。值得一提的是，当时还有一名跟队训练的球员就是秦升，他希望能够加盟申花，但是当时的主帅吉洛极力反对。周军在这样的情况下，通过自己与秦升多次的坦承交流，赢得了对方的信任。最终在2016赛季的时候，恢复自由身的秦升，坚定地加盟申花，成为球队2016赛季大爆发的重要功臣之一。事实上，在2015赛季的时候，申花就已经有了复苏的苗头，球队当时在得到登巴巴的情况下，成功闯入了当年足协杯的决赛，距离进入亚冠赛场和多年来的第一个冠军，只有一步之遥。
2016赛季里，申花真正进入复兴。国米中场瓜林的到来，加强了中场的实力。内援方面，秦升如约而至，其他还有李帅、毕津浩、王林和李运秋等人，申花眼下的主力阵容框架逐渐完整。最为难得的是，在与拉维奇擦肩而过的情况下，周军坚定地要求从美国大联盟引进前锋马丁斯取代老将卡希尔。这个决定在日后被证明是非常地正确，也是眼下上海申花能够不断前行的关键力量。上赛季，上海申花能够赢得足协杯的冠军，周军其实功不可没。
在即将离开申花之前，周军还是很好地做到了“站好最后一班岗”。正是在他的努力下，通过多次与小球员及小球员家长反复交流，周军帮助上海申花战胜同城死敌上海上港拿下了徐根宝的99-00梯队。这一点，也得到了董事长吴晓晖的肯定和特地的感谢。
【“争议老总”在引进球员上，有过一些说不清的故事】
在绿地集团接手申花之后，周军开始主要负责球员的引进。在这个期间，包括了登巴巴、瓜林、马丁斯、特维斯、秦升、毛剑卿等多笔重磅转会，都是来自于周军的“长袖善舞”。这些球队的成功和努力（不包括特维斯），也是上海申花可以赢得上赛季中国足协杯的关键原因。
不过在另外一个方面，周军与青岛润奥盛体育产业有限公司之间的关系，也被一部分球迷诟病。根据媒体和多家门户网站的爆料，青岛润奥盛公司董事长王俊凯和周军是东华大学校友会足球队的队友。申花方面近年来多名球员的引进工作，都与这家公司有着千丝万缕的联系。青岛润奥盛体育产业有限公司成立于16年5月13日，仅仅2个月之后青岛球员栗鹏和朱建荣与润奥盛体育签约。2017年年初的时候，当时正在备战新赛季亚冠资格赛的上海申花的新援名单中，就有着这2名当时已经跟着青岛中能降入中乙的球员。不过，在上赛季的足协杯决赛中，栗鹏有着出色的发挥，也让很多质疑他的人，不得不“闭嘴”。
周军被球迷诟病最多的一笔转会，应该是在2017赛季，用球队最后一个引援名额买下了1989年出生的青岛人王伟。但是因为各种各样的原因，他一直没能为上海申花出场比赛。不得不说，2016年在曼萨诺的带领下，取得突破性成绩的上海申花，在2017年年初的引援方面，做得很不成功。“青岛三星”与润奥盛公司，也成为了很多球迷泄愤的对象。不过总体来说，近年来申花的引援，还是较为成功。
【篇尾语】：
接下去，周军将会在大连一方开启他的新工作。这名中国足坛的知名足球管理人，会在“足球之乡”的土地上，再次施展自己“长袖善舞”的引援特点吗？将一支因为朱骏离开，几乎“分崩离析”的申花，在投入资金并不那么巨大的情况下，打造成一支能够连续2年获得亚冠资格的队伍。周军的成绩，或许还是比很多球迷所诟病的，要成功地多。
（木木旦）