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面对鸟类这样的电子乌贼，人类城市岌岌可危，墨菲斯和崔妮蒂等人正与入侵者展开殊死搏斗。
此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体，回到“母体”和守护天使一起寻找他。一场大战之后，守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知之后一无所获。
锡安的局势越来越危险，议员及指挥官相继阵亡，机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想通过希望去实现预言。这时，特工史密斯控制了先知，并变得越来越强大，威胁到了整个“母体”的稳定。在返回锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥被带到机器城市01。
在和机器的谈判中，尼奥答应为了人类和机器的共同利益，去消灭史密斯。于是，“母体”又面临着一次翻天覆地的“重载”。 结尾的地方最是意味深长，建筑师和Oracle达成了共识，决定给予Matrix中的人类以自由意志，可以选择在机器中享受虚拟的平静和快乐或者选择现实的残酷和真实。
这是个基督教新教当中非常重要的命题，上帝以其全知全能当然知道亚当和夏娃可能在蛇的诱惑下会吃伊甸园中的智慧果，但上帝仍然选择在造人的时候给他们自由意志，不对他们的选择加以干涉，因为上帝认为一个有自由意志的但是同时可能带来罪恶的世界，要比一个没有罪恶但同时也没有自由意志的世界更符合他的期望。
每个人在观影后走出漆黑的影院回到五彩现实世界的那一刹那，或许都会产生一种恍然的感觉：如何证明我们所生活的这个世界，不是另一个矩阵？