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1.确保菌种的纯培养，注意不要使用被杂菌污染的菌种，不能近距离互相连接培养。
2、严格控制菌种传代次数，减少机械损伤，保证菌种活力。
3、适当低温保存菌种，低温型菌种如蘑菇、香菇等，在4℃有利于保存菌丝体的活力，高温型菌种如草菇在16℃有利于保存菌丝体的活力。
4、避免在单一或同一培养基中多次传代；菌种不宜过长时间使用，超龄菌种会出现老化，而老化与退化是有机相连的，生活力弱的菌种很容易出现退化。
5、菌种要定期进复壮，在适温、合适酸碱度、充足氧量、无杂菌培养等条件下进行。
6、每年进行孢子分离，以有性繁殖来发现优良菌株，以组织分离来巩固优良菌株的遗传特性。